Od 1847. do 1865. godine u Vranju se, kao vikarni episkop skopskog mitropolita Joakima, nalazio mitropolit Pajsije.
Ostao je zapamćen kao dobrotvor srpske prosvete.
Između ostalog i zbog toga što se preko svog titulara, mitropolita Joakima, zalagao da se u Skoplju otvori srpska bogoslovija još od 1854. godine.
On je tronosao (osveštao) vranjsku Sabornu crkvu 1858. godine.
U Vranju je vladika Pajsije pored crkve podigao zgradu koju je narod nazivao mitropolija.
Posle oslobođenja Vranja 1878. godine došao je u Vranje i tom prilikom kupio od kćeri bivšeg vranjskog paše Huseina najlepšu i najveću kuću u Vranju i poklonio je vranjskoj opštini za školu.
Za ličnost vladike Pajsija vezuje se i ime varoši "Vladičin Han", koja se nalazi na Južnoj Moravi, dvadesetak kilometara severno od Vranja.
Ova varoš je dobila ime po mehani koja je nekad postojala na mestu gde je danas centar Vladičinog Hana i koja je nekad bila vlasništvo vladike Pajsija.
Nakon 1878. godine Vranje je oslobođeno od Turaka, zajedno sa delom Skopske mitropolije.
Oslobođeni deo skopske mitropolije pridodat je 1882. godine Niškoj eparhiji i sa malim prekidom u ratnim godinama, sve do 1. marta 1932. godine ostao je u njenom sastavu.
Od 1. marta 1932. godine, srezovi: Bosiljgradski, Masurički, Poljanički i Pčinjski izdvojeni su iz sastava Niške eparhije i pripojeni Skopskoj mitropoliji.
Sticajem ratnih okolnosti, posle završetka drugog svetskog rata ovo područje Skopske mitropolije egzistira pod imenom "deo eparhije skopske" sve do 30. maja 1975. godine.
Tada je Sveti arhijerejski sabor Srpske pravoslavne crkve donosi odluku o obnovi Vranjske eparhije sa sedištem u Vranju.
